Urodził się 22 stycznia 1921 roku (lub 3 marca 1921 roku) w Warszawie. Za datę jego przyjścia na świat przyjmuje się wypis z księgi parafialnej. Był synem krytyka literackiego Stanisława Baczyńskiego i nauczycielki Stefanii Zieleńczyk. Ojciec był również w przeszłości działaczem Legionów Polskich, a w późniejszym okresie służył jeszcze w Wojsku Polskim. Zarówno Stanisław, jak i Stefania wpajali młodemu Krzysztofowi miłość do ojczyzny i uczyli go patriotyzmu od najmłodszych lat. Niestety, w niedługim czasie po urodzeniu Krzysztofa jego rodzice rozstali się. Młody Baczyński był dzieckiem chorowitym i słabym. Miał astmę. W 1933 roku Baczyński rozpoczął naukę w warszawskim Gimnazjum im. Stefana Batorego. Podczas pobytu w szkole średniej związał się z lewicową organizacją młodzieżową "Spartakus". Używał wtedy pseudonimu "Emil". Z tego też okresu pochodzi pierwszy znany jego wiersz - "Wypadek przy pracy" (1936). Był średnim uczniem, nawet język polski nie był jego mocną stroną. Świetnie rysował, co stało się jego największą pasją. W 1939 roku zdał maturę. Radość przyćmiła śmierć ojca - 27 lipca. Gdyby nie to przykre wydarzenie w życiu Baczyńskiego, oraz wybuch wojny, z pewnością studiowałby we Francji, dokąd miał się udać. Od tej pory zmieniła się tematyka wierszy Krzysztofa na bardziej mroczną. Cały czas w jego życiu najważniejszą osobą pozostawała matka. W warunkach okupacyjnych zdecydował się sabotować rozporządzenie niemieckie i pozostać po aryjskiej stronie. Nie zamieszkał zatem w getcie, pomimo swoich żydowskich korzeni. Dorywczo pracował, aby utrzymać siebie i matkę. 1 grudnia 1941 roku miał odmienić życie młodego poety na zawsze. Krzysztof poznał wtedy Barbarę Drapczyńską, z którą pobrał się 3 czerwca 1942 roku. W czasie II wojny światowej był aktywnym uczestnikiem polskiego ruchu oporu. Nie przeszkodziło mu to w rozwijaniu pasji, jaką była liryka. Przez cały okres okupacji aktywnie tworzył, a warszawscy literaci, którzy mieli okazję zapoznać się z wierszami Krzysztofa, szybko docenili jego talent. Co więcej, udało się im uzyskać od władz podziemnych zapomogę finansową dla poety, co było niebywałym wyróżnieniem, jak na okupacyjną rzeczywistość. Był uczestnikiem tajnych kompletów, Harcerskich Grup Szturmowych i konspiracyjnej Szkoły Podchorążych Rezerwy. Od jesieni 1942 do lata 1943 roku kształcił się na Uniwersytecie Warszawskim, gdzie studiował polonistykę. Zdecydował się jednak przerwać naukę na rzecz działalności konspiracyjnej. 

​

W kilka dni po Krzysztofie życie straciła jego młoda żona. Zginęła w tomikiem wierszy męża w dłoni... Pośmiertnie odznaczony Krzyżem Armii Krajowej i Medalem za Warszawę.